У инков было очень много богов, и их пантеон постоянно расширялся по мере завоевания ими все новых народов, чьи языческие идолы перекочевывали на территорию растущей империи. Виракоче поклонялись как творцу мироздания, но, по всеобщему поверью, он передал свои повседневные полномочия побочным богам, таким, как Ильяпа, бог грома и молнии, Пачамама, богиня земли. Мама Килья, богиня Луны. Самым главным среди всех этих божеств считался Инти, бог золотого Солнца, от которого, как утверждали, вели свое происхождение инки. Культ Инти пронизывал всю политику империи.

Церковь была прочно соединена с государством, его властными структурами. Верховного жреца солнечной религии Вильяк Уму ( прорицателя ) назначал император, обычно из числа своих братьев или близких родственников. Его власть по своей мощи уступала только власти Верховного владыки - Сапа Инки. Верховный жрец, в свою очередь, выбирал из числа инкской знати епископов , которые должны были служить в десяти епархиях , на которые разделялась вся территория империи. Подчинявшиеся епископам жрецы обычно набирались из среды кураков или местных чиновников. Требования инкского духовенства были такими непомерными, что в Кориканче, в Куско, например, их обслуживал громадный штат - более 4000 жрецов, жриц и других служителей культа, возглавляемого самим Вильяк Уму.

Существовало поразительное сходство между религией Солнца инков и католичеством, которому предстояло заменить древнюю веру: похожие на монастыри дома для незамужних женщин, пышные праздничные процессии с изображениями богов и святых, высоко поднятых над головой для всеобщего обозрения, и даже процедура причастия, во время которой жрецы церемонно вкушали снедь и чичу. Подобно католикам-прелатам, жрецы-инки были исповедниками, но их услугами не пользовались ни император, ни его ближайшие родственники, которые каялись в совершенных грехах непосредственно самому Инти, богу Солнца. Такое сходство между двумя религиями только помогало миссионерам-католикам выполнять возложенные на них задачи.

Религиозные праздники прерывали размеренный ход трудовой жизни инков, иногда на весьма продолжительный период времени. В каждом месяце у инков было, по крайней мере, три праздничных днях и, как правило, одно главное празднество, продолжавшееся целую неделю, а иногда и более, что в сумме составляло 120 выходных дней в каждом году. Это были праздники, знаменующие собой каждый новый этап в сельскохозяйственном году, инаугурацию, заключение браков или поминовение мертвых. Но были еще и другие, дополнительные, диктуемые особыми обстоятельствами, такими, как засуха, голод, землетрясение или же предстоящие новые военные походы, когда Сапа Инка искал заступничества у всемогущих богов.

Хотя пышные общественные церемонии снижали производительность труда и на них уходило громадное количество съестных припасов из резервного фонда, они себя вполне оправдывали, так как в них заключался тот главный живительный источник, из которого инки черпали свою силу. С их помощью укреплялись узы между правителями империи и простым народом, их подданными, а для народных масс они служили не только вознаграждением за их верность престолу и трудолюбие, но еще были и отдушиной для избавления от накопившихся эмоций. Не менее важно было и то, что такие праздники были призваны продемонстрировать всем могущество богов инков и тем самым усилить власть милосердного Сапа Инки.

На всех таких праздниках император обеспечивал участников всем необходимым - едой, выпивкой, напитками, под его руководством организовывались религиозные ритуальные службы, жертвоприношения, потешные бои, музыкальные представления и танцы. Его официальные должностные лица распределяли по такому случаю листья коки, оказывающие возбуждающее воздействие при их жевании. Это зелье считалось в то время большой роскошью и редко перепадало простолюдинам, представители знати держали сбыт коки под своим контролем.

В первый месяц сезона дождей, в декабре, когда отмечался день зимнего солнцестояния, проходил самый великолепный праздник, который назывался капак райми ( большой праздник ). В это время в Куско, как часть общих торжеств, проводились обряды посвящения юношей в мужчин, причем они были настолько священны, что жителям столицы - не инкам строго предписывалось покинуть столицу и быть все это время как можно дальше от ее границ, на расстоянии не менее шести миль. После завершения ритуалов ссыльные возвращались в родные места, принеся с собой свежие сельскохозяйственные продукты с государственных земель и земель духовенства. Но до того, как они будут допущены на великий праздник под названием уаракикой и примут в течение нескольких дней участие в пирах, возлияниях и танцах, они должны были продемонстрировать свою полную лояльность Сапа Инке через ритуал причащения, в ходе которого им на золотых и серебряных блюдах подносились пирожки из кукурузной муки с кровью принесенных в жертву лам. После чего, по словам отца Кобо, жрецы говорили им: То, что было под несено вам, - это пища золотого Солнца, и присутствовать ей в теле вашем как свидетелю; если только когда-нибудь, где-нибудь начнете злословить, не оказывать почтения Солнцу и Инке, то этот свидетель обо всем доложит, и тогда вам не сносить головы . И все эти люди, продолжал отец Кобо, давали торжественные обещания никогда ничего подобного в жизни не делать.