Когда капитан Олид (один из главных военачальников Кортесовской армии, осаждавшей Теночтитлан), выдвинулся на Цинцунцан в 1522 году, Пурепеча уже знали об уничтожении могущественной ацтекской империи испанцами. На самом деле, испанцы ещё до своего прихода начали сеять смерть на земле тарасков. Тогдашний правитель Пурепеча умер от оспы, занесённой ацтекским вестником, прибывшим просить помощи в борьбе с конкистадорами. Новый правитель, Тангошоан II, кроткий потомок основателя города, испугавшись той же участи для своей империи, просто прятался до того момента пока не пришёл Олид, а потом сдался ему без сопротивления.

Вскоре испанцы назвали местных жителей тарасками, от местного слова tarascue, обозначающего в переводе свекор (или тесть) или зять. По словам монаха Корунья так тараски с сарказмом называли испанцев, насиловавших их женщин. Но испанцы ошибочно интерпретировали значение этого слова и Tarasco (англ. вариант - Tarascan), сейчас обозначает тех индейцев, кто называет себя Пурепеча.

Именно Тангошоан II, самолично посетив город Мехико, попросил епископа направить в Мичоакан священников. Шесть францисканских миссионеров, ведомые Фраем Мартином де Иисусом де ла Корунья, прибыли в Цинцунцан в 1525 году. Первым их делом стало начало строительства большого францисканского монастыря Санта Ана [Santa Ana] в Цинцунцане в 1526 году. Они сохранили много сил, используя уже готовые каменные блоки многочисленных пурепечесских храмов и платформ для возведения собственных зданий.

Монастырь успешно функционировал свыше ста лет, пока не стал школой, в качестве которой просуществовал до 1964 года. Мексиканское правительство завершило реставрационные работы к 1974 году и сегодня вход в древний “ convento” открыт для посетителей совершенно бесплатно. Осталось много двухэтажных четырёхугольных зданий и фрагменты фресок возрастом более 400 лет до сих пор видны в больших арочных входах во внутренние патио.

Рядом с монастырем расположено большое кладбище, на котором ещё стоят старые каменные кресты там, где их поставил Фрай Мартин в 16 веке. Санта Ана сейчас выступает в качестве неформального музея, демонстрирующего религиозные полотна, деревянные статуи, каменные высеченные фигуры и другие артефакты периода начала Католицизма в Мичоакане. Templo de la Soledad, называемое “La Capilla” (капелла), с тремя красивыми колокольнями также сохранилась; как и стоящая неподалёку меньшая по размеру Capilla Abierta de la Concepcion (открытая капелла), построенная в 17 веке.

Нуньо Гусман де Бельтран [Nuno Guzman de Beltran] сыграл довольно значительную роль в местной истории. Названный Карлом V в качестве главы аудиенсии, сменивший Кортеса на посту правителя Новой Испании, - он злоупотребил своей властью и был отлучён от церкви. Предотвращая потерю политического веса, он отправился в Халиско [Jalisco] и в Мичоакан для разбоев и грабежей.

Гусман прибыл в Цинцунцан в 1530 году и довольно быстро разрушил все начинания в деле обращения индейцев в христианскую веру. Он официально провозгласил территорию испанской и потребовал привозить ему всю дань золотом. Он был сильно разочарован в ничтожном количестве поступающего золота и поэтому подверг жестокой пытке правителя Пурепеча и его советников, но золота от этого больше не стало. Дело в том, что большая часть золотых запасов империи была уже до этого отправлена в качестве дани Кортесу.

Местная легенда гласит, что Тангошоан II скрыл часть сокровищ в небольших лодках и потопил их в озере Пацкуаро, но Гусман узнал об этом проступке. Правда это или нет, но разозлённый и разочарованный Гусман, в конце концов, проволок на верёвке за мчавшимся конём несчастного правителя через весь город, а затем «закрутил» его до смерти, а после привязал тело к столбу и сжёг. Затем он объявил себя «Правителем Тараскской империей» и свой короткий срок правления ознаменовал кровавым террором, вынудив многих индейцев переселиться в горы, прежде чем покинул Мичоакан и направился в Халиско для дальнейшего грабежа, прихватив с собой 8 000 Пурепечесских мужчин в качестве солдат. Нетрудно предположить, что после него отношение к испанцам у Пурепеча было, мягко говоря, прохладным.

Дон Васко де Кирога [Don Vasco de Quiroga] прибыл в Мексику в 1530 году в возрасте 60 лет, и впервые посетил Цинцунцан в 1533 году. Королевским указом 1534 года Цинцунцану было присвоено название “Город Мичоакана” и в 1536 году он стал местом нахождения епархии. В 1538 году Дон Васко стал епископом Мичоакана. Он увековечился в сердцах местных жителей под именем “Тата”, или ”Папа” Васко, покровитель и защитник индейцев.

В 1530 году озеро Пацкуаро занимало по площади значительно больше территории, охватывая низменности, на которых сегодня расположились деревушки. Фрай Мартин писал, что Санта Ана была построена непосредственно на берегу озера, в каких-то 70-ти (а не 400-х) метрах от него, отгороженная от берега современными деревенскими постройками. Жители того времени строили свои дома на склонах холмов вокруг церковных земель, а после тирании Гусмана предпочитали селиться подальше от построек незваных гостей.

Для того, чтобы привлечь жителей вернуться на свои прежние места и услышать Слово Божье (согласно Дону Алонсо), Дон Васко организовал танцевальное представление под названием Los Toritos - танец, который в наши дни исполняется на улицах на местных деревенских фестивалях. Все танцоры носят ярко разукрашенные костюмы и маски, одна из которых - голова гигантского быка. Бык танцует и скачет под аккомпанемент гитар и труб, а люди тем временем пытаются поймать его арканом и веревками с петлями на концах.

Вскоре несколько индейцев вернулись посмотреть что за феномен происходит в городе, где были встречены Доном Васко с подарками. Он хорошо обращался с местными жителями, и множество семей вернулись с гор, расселившись вокруг монастыря, для своей защиты от внешнего мира, попав в объятия новой веры. Дон Васка противостоял бесконечно жестокому обращению испанских солдат к индейцам, и своим влиянием и личной властью он прекратил порочную практику использования старой системы сбора дани, унаследованную ещё от правителей Пурепеча.

В 1540 году испанцы решили перенести свой административный центр в покинутый Пацкуаро, т.к. именно там Дон Васко решил построить (несмотря на многочисленные возражения) новый кафедральный собор. Хотя Цинцунцан и продолжал оставаться штаб-квартирой францисканцев, вскоре стал терять своё значение и стал сокращаться в размерах, а королевский титул “Города Мичоакана” отошёл к Пацкуаро.