Этот период длился с 4900 до 3500 г. до н. э. (Этап Кошкатлан датирован Р. Мак-Нейшем 5000 – 3500 гг. до н.э.) Он является производным от культуры Эль-Риего. Образ жизни на этом этапе, должно быть, практически не отличался от Эль-Риего – жили небольшими группами в сухой сезон и крупными во влажный. По сравнению с предшествующим периодом группы людей были более многочисленными и жили в одном и том же месте в течение более длительного времени.

Жители Кошкатлана в основном оставались собирателями и охотниками, однако у них было больше культивированных растений – кукуруза, чилийский перец, авокадо, гуахе, позже – амарант (бархатник), обычная фасоль, тыква, белый и черный сапот. Эти растения составляли примерно до 10% потребляемой пищи.

Небольшие группы людей (микрогруппы), возможно, сеяли весной некоторые из культивированных растений, и когда количество последних возрастало, в течение длительного периода люди могли существовать как макрогруппы. Когда изобилие сельскохозяйственной продукции заканчивалось, они снова распадались на кочевые микрогруппы.

На этапе Кошкатлан произошли изменения в образе жизни и питании, а также и в общественной организации. Хотя, возможно, и продолжал сохраняться патрилинейный родовой строй, все более явственно начало проявляться «право на собственность». Более могущественными становились шаманы, занимавшиеся ритуалами, связанными с сельским хозяйством.

Появились различные типы наконечников с шипами, а также скребки и тесла новых типов, ручные зернотерки заменили каменные ступы. Большой прогресс был достигнут в изготовлении сетей, покрывал и сумок со спиралеобразным плетением. Наиболее важная черта этого периода – зарождение земледелия.