В колониальную эпоху нагвализм и шаманизм пытались идентифицировать с колдовскими практиками, существующими в Европе, чтобы определить некое сходство между ними, и в частности – в процессе превращения колдуна в животное. Эта практика, как считалось, была занесена в Европу некоей демонической и порочной сектой из Египта, и таким образом, в представлениях конкистадоров, а позднее и самих индейцев, индейские верования стали ассоциироваться с черной магией и сделкой с дьяволом. Тем не менее, шаманские ритуалы продолжали совершаться, хотя и тайно, чему есть множество свидетельств, полученных в результате преследования шаманов. В частности, в 18 веке Хасинто де ла Серна, Руис де Аларкон, Мархиль де Хесус и Нуньес де ла Вега оставили точные описания шаманских практик Центрального Плоскогорья и Чиапаса. В той местности шаманы назывались «poxlom» (от слова «pox», медицина, что свидетельствует о том, что шаманы занимались, в основном, целительством). Нуньес пишет: «…нам представилось, что это был сам дьявол, который словно мяч или огненный шар, пролетел по воздуху в виде звезды или кометы со шлейфом». (Nunez, 1988, p. 756). Тексты подтверждают, что шаманы занимались медициной, и для исцеления практиковали исповедания грехов и «зловонные снадобья» - в частности, юкатанские ведьмы клали под подушку тлaпатль (дурман-траву), или давали своим пациентам ее понюхать, чтобы те потеряли рассудок. Были и чернокнижники, которые занимались любовным приворотом и умели переноситься, по словам Мархиля, в «фантомный рай», где принимали участие в различных пиршествах и совокуплялись с женщинами, - после того, как в полночь оборачивались три раза вокруг себя. Таким же образом они превращались в животных, кости которых хранили и поклонялись им по ночам, в то время как сами занимались продажей какао; из этого мы можем заключить, что шаманы употребляли галлюциногенные вещества.

На территории, где проживали науа, в колониальную эпоху монахи находили спрятанные в домах сосуды из тыквы (tecomates), или корзины, где хранились вещи, передаваемые по наследству шаманом-paini (el itlapial), внутри которых находились копаль, вышитые платки, фигурки божков, деревянные жабы, инструменты для самостоятельного жертвоприношения и галлюциногенные растения. Для шаманов той эпохи, как и для шаманов доколумбовых времен, было необходимо добиться состояния экстатического транса, так как только в этом состоянии они могли узнать причину заболевания духа. Лечение, проводимое шаманом-paini сначала предполагало определение подходящей даты, затем украшение выбранного для ритуала помещения (santoscalli) ветками растений, орошение его ароматами, и наконец, возжигание свечей. Затем шаман-paini закрывался в полной тишине и одиночестве, и выпивал галлюциногенное питье, которое заранее было приготовлено человеком, прошедшим очистительный ритуал. Затем шаман входил в транс, и в состоянии транса давал ответы. В случае порчи, он мог назвать даже имя колдуна, наславшего порчу. Галлюцинация подразумевала явление самого божества, заключенного в растении, и это божество подавало правильный ответ; точнее говоря, это божество входило в тело шамана, проявляясь в его человеческом облике, и вещало через рот человеческим языком. Существо, которое являлось при галлюцинировании, могло принимать различный облик, согласно характеру принимаемого галлюциногена: ипомея (вьюнковое растение) обычно вызывала видение черного человечка, пейот вызывал видение старика; другие растения вызывали видения ангелов. Короче говоря, каждое растение имело свой образ.