Даже происхождение наименования Отоми не совсем известно. Жак Сустель считает, что оно может происходить от слова на языке Науа Отомитль (Otomitl): от «otocac» - «тот, кто ходит» и от «mitl» - стрела. Он также указывает на то, что оно может происходить и от слова на языке самих Отоми «othomi»: от «otho» – «без» и от «mi» – «усадить» или «расположить себя». Как бы то ни было, он отказался от этой идеи, говоря, что Отоми вели в основном оседлый образ жизни. Их образ жизни мог быть земледельческим, но с трудом верится, что они могли надолго задержаться на одном месте.

По другой версии название произошло от слова Тотомитль (Totomitl – «стрела, покрытая перьями» или «стрельцы в птиц», «стреляющие из лука в птиц»; отсюда имя верховного бога пантеона Отоми – бога огня и жертвоприношений Отонтекутли; на языке тепеуа тсоконум – «пойманные птицы») – указание на охотников-лучников за птицами, но думается, что этим занятием их обучили много позже чичимеки. Ещё одним неисследованным объяснением термина является его возможная ссылка на нехватку места в провинции.

Однако сами себя Отоми называют Ниан ниу (Nanhu), в значении «те, кто говорит на Ньюхью (Nuju – [«язык носового и нёбного звука»])», что, как и подобное у большинства местных племён, просто обозначает слово «народ» или «люди этой земли». «Nahnu» фонетически произносится как «nanu» и состоит из двух слов: «na» обозначает «слово» или «речь» и «nu» - «нос». Таким образом «nanu» означает «слово, произносимое носовым звуком» или «язык, произносимый носовым звуком». В языке «Nahnu» содержится много букв, произносимых носовым и нёбным звуком.