В отличие от Британской Америки, где геноцид имел своей непосредственной целью физическое уничтожение коренного населения для завоевания жизненного пространства , геноцид в Центральной и Южной Америке стал побочным продуктом зверской эксплуатации индейцев в экономических целях. Массовые убийства и пытки не были редкостью, но они служили орудием террора, чтобы покорить и умиротворить коренное население. Жители Америки рассматривались как десятки миллионов даровых рабочих рук природных рабов для извлечения золота и серебра. Их было так много, что рациональным экономическим методом для испанцев представлялось не воспроизводство рабочей силы своих рабов, а их замена. Индейцев умерщвляли непосильной работой, чтобы потом заменить свежей партией рабов.

С высокогорий Анд их сгоняли на плантации коки в низины тропического леса, где их непривычный к такому климату организм становился легкой добычей смертельных заболеваний. Таких как ута , от которой гнили нос, рот и горло и умирали мучительной смертью. Настолько высока была смертность на этих плантациях (до 50% за пять месяцев), что забеспокоилась даже Корона, издав указ, ограничивавший производство коки. Как и все указы такого рода он остался на бумаге, ибо, как писал современник, на плантациях коки есть одно заболевание, которое страшнее всех других. Это неограниченная жадность испанцев .

Но еще хуже было попасть на серебряные рудники. Рабочих спускали на глубину 250 метров с мешком жареного маиса на смену длиной в неделю. Кроме непосильной работы, обвалов, плохой вентиляции и насилия надсмотрщиков, индейские рудокопы дышали ядовитыми испарениями мышьяка, ртути и т.п. Если 20 здоровых индейцев опустятся в шахту в понедельник, только половина может подняться из нее искалеченными в воскресенье , - писал один современник. Станард подсчитывает, что средняя продолжительность жизни сборщиков коки и индейских рудокопов в ранний период геноцида была не больше трех или четырех месяцев, т.е. примерно такой же, как на фабрике синтетической резины в Освенциме в 1943 г.

После бойни в столице ацтеков Теночтитлане Кортес объявил Центральную Мексику Новой Испанией и установил там колониальный режим, основанный на рабском труде. Вот как современник описывает методы умиротворения и закрепощения индейцев для работы на рудниках.

Многочисленные свидетельства многочисленных свидетелей рассказывают о том, как индейцев колоннами ведут на рудники. Их приковывают друг к другу шейными кандалами. Тем, кто валится, отрубают головы. Рассказывают о детях, которых запирают в домах и сжигают, а также закалывают, если они идут слишком медленно. Обычным делом является отрезание грудей у женщин и привязывание к их ногам тяжестей, перед тем, как сбросить их в озеро или лагуну. Рассказывают о младенцах, оторванных от матерей, убитых и использованных в качестве дорожных знаков. Беглым или бродячим индейцам отрубают конечности и отсылают в их деревни, повесив им на шею отрезанные кисти рук и носы. Рассказывают о беременных женщинах, детях и стариках, которых налавливают как можно больше и бросают в специальные ямы, на дне который врыты острые колья и оставляют их там, пока яма не заполнится . И много, много еще чего . (Станард, 82-83)

В результате из примерно 25 миллионов жителей, населявших мексиканское королевство к моменту прибытия конквистадоров, к 1595 г. в живых осталось лишь 1,3 миллиона. Остальные были в основном замучены на шахтах и плантациях Новой Испании .

В Андах, где мечами и плетьми орудовали банды Писарро, к концу 16 века население упало с 14 миллионов до менее, чем 1 миллиона человек. Причины были те же самые, что в Мексике и Центральной Америке. Как писал в 1539 один испанец в Перу, индейцы здесь полностью разрушены и погибают... Оно молят с крестом, чтобы им ради Бога дали еды. Но [солдаты] убивают всех лам ради ничего большего, как для изготовления свеч... Индейцам не оставляют ничего на посев, а так как у них нет скота и взять им его неоткуда, им остается только умирать с голоду . (Черчиль, 103)